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Au début des années 1580 la présence des missionnaires jésuites atteignit son apogée. Présents depuis une trentaine d'années, les missionnaires étaient parvenus à s'implanter, convertir et former des communautés. Pourtant, la mission fut finalement un échec qui mena à un régime de contrôle et de persécutions sous l'autorité du nouveau shôgunat. Comment expliquer la chute de la mission la plus développée d'Asie au XVIe siècle?

A la fin de l'époque Kamakura (XII-XIVe siècle), le bouddhisme japonais était passé par des transformations qui l'avait divisé en écoles et en courants de pensée aux objectifs et aux pratiques très différentes les unes des autres. Le bouddhisme du peuple n'était pas celui des guerriers ou des nobles. Dans le contexte du premier bakufu (gouvernement des guerriers), cette diversité pouvait être porteuse de périls. Le shogunat persécuta notamment les adeptes de Nichiren. Le bouddhisme allait devoir s'organiser pour survivre au régime des guerriers et à ses siècles chaotiques.