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Au début des années 1580 la présence des missionnaires jésuites atteignit son apogée. Présents depuis une trentaine d'années, les missionnaires étaient parvenus à s'implanter, convertir et former des communautés. Pourtant, la mission fut finalement un échec qui mena à un régime de contrôle et de persécutions sous l'autorité du nouveau shôgunat. Comment expliquer la chute de la mission la plus développée d'Asie au XVIe siècle?

Le 12 avril 1638 le jeune samurai Amakusa Shirô fut exécuté pour avoir été l’âme et le leader de la révolte chrétienne de Shimabara, le seul conflit de la période Edo. La révolte de Shimabara est un épisode révélateur des changements politiques et sociaux qui ont accompagné la naissance du shogunat Tokugawa.